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        EasyDCP:一種經濟、高通量的3D植物表型性狀測量工具

        2022/8/30
        高通量 3D 表型分析是一個迅速崛起的領域,在植物個體測量中有著廣泛的應用。盡管如此,由于資金和后勤的限制,高通量植物表型分析很少用于生態學研究。


        EasyDCP的整體工作流程。(a)必須對每組植物進行成像,并且必須為EasyDCP準備圖像和配置文件。(b) EasyDCP_Creation對所有圖像集執行順序處理,為每組植物創建一個3D點云。(c) EasyDCP_Analysis對每個三維點云進行分類、分割和計算,以測量植物性狀,包括株高和投影葉面積。

        作者介紹了EasyDCP,這是一種使用數碼相機從集裝箱植物圖像中提取3D植物表型特征的軟件工具,已經證明了EasyDCP是一種可行的低成本工具,可用于對植物種群進行表型分析,測量性狀的精度與商用激光掃描儀相當或略高。計算機硬件和商用三維重建軟件是財務成本,但與其他三維植物測量工具和高通量表型分析解決方案相比,總成本是可以承受的。與其他基于3d的方法相比,EasyDCP具有更易于使用和更少手動步驟的優點,能夠以最少的訓練實現高通量操作。


        (a)使用EasyDCP和PlantEye激光掃描儀測量的標尺長度和實際長度之間的差異。(b)相對于地面真實情況,計算y軸上繪制的植物高度和投影葉面積。黑線代表與地面真實情況的1比1測量

        作者比較了EasyDCP與高端商用激光掃描儀在獲取株高和投影葉面積方面的性能。這兩種工具都與地面真實測量有很強的相關性,使用EasyDCP進行的株高測量更準確(株高:EasyDCP r2=0.96,激光r2=0.86;投影葉面積:EasyDCP r2=0.96,激光r2=0.96。EasyDCP是一種高通量、低勞動力和經濟成本的容器植物表型性狀測量開源軟件工具。

        來源:Wiley Online Library.EasyDCP: An affordable, high-throughput tool to measure plant phenotypic traits in 3D
        Alexander Feldman, Haozhou Wang, Yuya Fukano, Yoichiro Kato, Seishi Ninomiya, Wei Guo
        https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13645
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